网站结构设计是网站设计的重要组成部分。在内容设计完成之后，网站的目标及内容主题等有关问题已经确定。
1、物理结构
网站物理结构指的是网站目录及所包含文件所存储的真实位置所表现出来的结构，物理结构一般包含两种不同的表现形式：扁平式物理结构和树形物理结构。
对于小型网站来说，所有网页都存放在网站根目录下，这种结构就是扁平式物理结构。采用扁平式物理结构的网站。
这种扁平式物理结构对搜索引擎而言是最为理想的，因为只要一次访问即可遍历所有页面。但是，如果网站页面比较多，太多的网页文件都放在根目录下的话，查找、维护起来就显得相当麻烦，所以，扁平式物理结构一般适用于只有少量页面的小型、微型站点。
对规模大一些的网站，往往需要二到三层甚至更多层级子目录才能保证网页的正常存储，这种多层级目录也叫做树形物理结构：即根目录下再细分成多个频道或目录，然后在每一个目录下面再存储属于这个目录的终极内容网页。
采用树形物理结构的好处是维护容易，但是搜索引擎的抓取将会显得相对困难。目前互联网上的网站，因为内容普遍比较丰富，所以大多都是采用树形物理结构。
2、逻辑结构
与网站的物理结构不同，网站的逻辑结构也成为链接结构，主要是指有网页内部链接所形成的逻辑结构，或者称为链接结构。逻辑结构和物理结构的区别在于，逻辑结构由网站页面的相互连接关系决定，而物理结构由网站页面的物理存放地址决定。
在网站的逻辑结构中，通常采用“链接深度”来描述页面之间的逻辑关系。“链接深度”指从源页面到达目标页面所经过的路径数量，比如某网站的网页A中，存在一个指向目标页面B的链接，则从页面A到页面B的链接深度就是1。
和物理结构类似，网站的逻辑结构同样可以分为扁平式和树形两种：
—扁平式逻辑结构：扁平式逻辑结构的网站，实际上就是网站中任意两个页面之间都可以相互连接，也就是说，网站中任意一个页面都包含其他所有页面的链接，网页之间的链接深度都是1。目前的网络上，很少有单纯采用扁平式逻辑结构作为整站结构的网站。
—树形逻辑结构：是指用分类、频道等页面，对同类属性的页面进行链接地址组织的网站结构。在树形逻辑结构网站中，链接深度大多大于1。
3、网站结构对的影响
网站结构对网站的搜索引擎友好度、用户体验都有着非常重要的影响。
1.网站结构可以影响网站内部页面的重要性
网站结构在决定网站内部页面的重要性方面，起着非常关键的作用，比如合理的内部链接策略就可以对重要页面进行突出等操作。
2.网站结构是衡量网站用户体验好坏的重要指标
清晰的网站结构可以帮助用户快速获取所需的信息；相反，如果网站结构混乱，用户在访问时就如同走进迷宫，很难找到自己想要的资料，只能离开。
3.网站结构会直接影响到搜索引擎对页面的收录
一个合理的网站结构可以引导搜索引擎抓取到更多、更有价值的网页。但是如果网站结构混乱，往往就会造成搜索引擎陷入死循环、抓取不到页面等问题。
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